UIN Sunan Kalijaga memiliki beberapa jalur untuk bisa diterima sebagai mahasiswa. Beberapa jalur masuk ke UIN Sunan Kalijaga diantaranya: Seleksi Nasional Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN); Seleksi Bersama Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SBMPTN), Seleksi Prestasi Akademik Nasional Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (SPAN-PTKIN); Ujian Masuk Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (UMPTKIN); Mandiri dan Keberagaman. Hal yang membedakan UIN Sunan Kalijaga dengan perguruan tinggi lain yakni adanya jalur keberagaman dan 3T (Tertinggal, Terdepan dan Terluar) yang dibuka sejak tahun 2022. Menurut Rektor UIN Sunan Kalijaga, Prof. Dr. Al Makin, pembukaan jalur keberagaman ini sebagai komitmen UIN Sunan Kalijaga sebagai kampus dengan sejarah panjang pengusung nilai-nilai keberagaman dan garda depan dialog antar etnis, dialog antar budaya, antar agama “UIN Sunan Kalijaga memiliki kewajiban untuk menjaga dan merawat perbedaan itu sebagai sebuah rahmat yang harus disyukuri dan menjadikannya kekuatan untuk kemajuan bangsa”.

Pada Sabtu, 16 September 2023, rombongan UIN Sunan Kalijaga melakukan FGD dan Sosialisasi Ujian Masuk UIN Jalur Keberagaman di Labuan Bajo, Nusa Tenggara Timur (NTT) yang diselenggarakan di Hotel Puri Sari Beach Hotel, Jl. Pantai Pede, Kecamatan Komodo, Labuan Bajo. Sosioalisasi dilakukan oleh Rektor UIN Sunan Kalijaga, Prof. Dr. Phil Al Makin; Wakil Rektor Bidang I, Prof. Dr. Iswandi Syahputra; Wakil Dekan I FISHUM, Dr. Sulistyaningsih, M.Si; Wakil Dekan II FISHUM, Dr. Tri Wijayanti, M.Si; Wakil Dekan III FISHUM, Dr. Badrun; Kaprodi Sosiologi, Dr. Muryanti,MA; Kaprodi Psikologi, Lisnawati S.Psi., M.Psi.; Kaprodi Ilmu Komunikasi, Dr. Rama Kerta Mukti. Sosialisasi juga dihadiri Sekprodi Psikologi, Maireyna Nur Wardani, S.Psi, M.Psi; Enny Iroh Hayati, S.E., M.S.I. Kepala Bagian Tata Usaha FISHUM.

Peserta yang hadir sosialisasi yaitu Bapak Fransiscus Xaverius Adi, S.Pd selaku Kepala Kantor Kementerian Agama Manggarai Barat beserta jajarannya, diantaranya: Kepala Sub Bagian Tata Usaha, Kasi Pendidikan Katolik, Kasi Pendidikan Islam; Kasi Urusan Agama Katolik; Kasi Bimas Islam, Penyelenggara Haji dan Umrah; Penyelenggara Kristen; Pengawas Sekolah TKt SMA/SMK, Pengawas PAI tingkat menengah, Pengawas Madrasah Tkt MA/MAK, beberapa Kepala Sekolah dari berbagai Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Aliyah Swasta dan SMA yang tersebar di Kabupaten Manggarai Barat.

Dalam kesempatan sosialisasi tersebut diharapkan dari perwakilan Kabupaten Manggara Barat ada yang masuk ke UIN Sunan Kalijaga dengan jalur tersebut, sehingga kuota 10 persen jalur keberagaman bisa terpenuhi. Selain itu, pemuda dari Manggarai juga mendapatkan kesempatan menimba ilmu dan berdiskusi dengan mahasiswa dari daerah lain di Yogyakarta.